陰陽學說，在中醫學中，廣泛應用於說明人體的組織結構、生理功能、病理變化，並指導養生保健、分析證侯及指導治療原則。
「人生有形，不離陰陽。」人體是一個有機整體，組成人體的臟腑、經絡、形體、組織；既是有機聯系的，又可以根據其所在部位、功能特點，劃分為相互對立的陰陽兩個部份。如以人體內外而言，體表為陽、體內為陰。以內臟而言，則五臟為陰，六腑為陽；以氣血而言，則氣為陽，血為陰。陰陽之中復有陰陽。故體表組織屬陽，然皮肉為陽中之陽，筋骨為陽中之陰；再細分的話，則皮膚屬陽中之陽，肌肉屬陽中之陰；筋為陰中之陽，而骨為陰中之陰。再如五臟分陰陽，心肺居上屬陽，脾肺腎居下屬陰；當中，心為陽中之太陽，肺為陽中之少陰，肝為陰中之少陽，腎為陰中之太陰，脾居中土為陰中之至陰。
十二正經有手足三陽三陰經。屬腑、行於肢體外側的為陽經，分別為太陽、陽明、少陽經。屬臟、行於肢體內側的為陰經，分別為太陰、少陰、厥陰經。奇經八脈中，督脈行於背，為「陽脈之海」；任脈行於腹，為「陰脈之海」。至於蹺脈與維脈，行於身之內側者，稱為「陰蹺」、「陰維」；行於身之外側者，稱為「陽蹺」、「陽維」。絡脈分布於體表及身體上部，稱維「陽絡」；分布於體內及身體下部，稱維「陰絡」。
人體一身之氣，可分為陰陽二氣；其所分化的臟腑之氣，也有陰陽之別。臟腑之陽氣，是臟腑之氣中，具有溫煦、推動、興奮等作用的部份；而臟腑之陰氣，是臟腑之氣中，具有涼潤、寧靜、制約等作用的部份。人的上半生以陽氣推動、興奮為主導，而陰氣隨陽氣的增長而增長（陽生陰生）；下半生則以陰氣的寧靜、抑制為主導，而陽氣隨陰氣的減少而減少（陽殺陰藏）。所謂「陰平陽秘、精神乃治；陰陽離決、精氣乃絕。」人體的生長發育、物質的新陳代謝等生命活動，都是陰陽二氣相反相成作用的結果。陰陽二氣之間的功能協調，維持着生命活動的穩定有序，既無太過，也無不及；任何一方功能失常，都會影響整體的協調平衡。
《素問》說：「善診者，察色按脈，先別陰陽。」這說明在臨床診斷疾病過程中，把望聞問切四診所搜集的各種資料，如症狀和體征，以陰陽理論分析其陰陽屬性是非常重要的。比如色澤鮮明多為陽證，色澤晦暗多為陰證；語聲高亢洪亮、多言而躁動者多屬實、屬熱、屬陽；語聲低微無力、少言而沉靜者多屬虛、屬寒、屬陰。再如辨脈之部位、動態、至數、形狀等，可也分辨病證陰陽屬性；如寸位陽、尺為陰；動態至者為陽、去者為陰；數脈屬陽、遲脈屬陰；浮大洪滑者為陽、沉澀細小者為陰。
決定證侯是中醫學診斷疾病的核心。辨別陰證、陽證便是其中重要原則，在臨床診斷疾病中，更具有重要意義。如八綱辨證中，表證、熱證、實證屬陽；裡證、寒證、虛證屬陰。在臟腑辨證中，臟腑精氣失調，可以表現出許多復雜的證侯，但概括起來，無外乎陰陽兩大類。因此，在辨證過程中，分清陰陽，才能抓住疾病的本質，做到執簡駑繁。
「陰陽失調」，是疾病的基本病機。利用藥物、針灸等方法，調整機體陰陽，使之保持或恢復相對平衡，達到「陰平陽秘」，是防治疾病的基本原則。根據病證的陰陽偏盛偏衰，「損其有餘、補其不足」。所謂「僅察陰陽所在而調之，以平為期」。
中藥的性能，主要依據藥物的四氣、五味和升降浮沉而定。如四氣中，寒涼屬陰、溫熱屬陽；五味的辛、甘（淡）屬陽；酸、苦、咸屬陰；升降浮沉中的升、浮屬陽；沉、降屬陰。根據藥物四氣五味的陰陽屬性，選擇適當藥物去調整機體陰陽失調，使之恢復平衡，可達到治癒或減輕病情的目的。
養生，又稱「攝生」，其主要目的是延年和防病，必須根據四時陰陽變化情況「法於陰陽」。「春夏養陽、秋冬養陰」，是指春夏陽氣旺盛時，應善於保養人體之陽氣，不可過度用寒涼；而秋冬陰氣充盛時，則該善於保養人體之陰氣，不可過度用溫熱。如此，人體陰陽之氣與四時陰陽變化便相適應。對「能夏不能冬」的陽虛陰盛者，夏季可給予溫熱之品預培其陽，則冬季不易發病。對「能冬不能夏」的陰虛養盛者，冬季可給予涼潤之品預養其陰，則夏季不易發病。
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